Zadaniem lekarzy nanomedycyny jest takie stosowanie leków i nanochirurgii, aby tkanki „zachęcały” je do samorekonstrukcji. Dzięki maszynom molekularnym takie rekonstrukcje byłyby udane. Rekonstrukcje komórkowe będą oparte na pewnych już sprawdzonych zasadach, które są w pełni sprawdzone w systemach żywych. Wstęp do komórek jest już teraz możliwy, ponieważ cytolodzy mogą dziś wstrzykiwać igły do komórek, nie niszcząc ich. Stąd pierwszym zadaniem maszyn molekularnych byłoby wejście do komórki. Opierając się na znanych już faktach z zakresu biochemii i mikrobiologii, związanych z problematyką oddziaływań biochemicznych w komórkach, należy oczekiwać, że takie układy molekularne-maszyny molekularne będą w stanie rozpoznawać się dotykiem, stwarzając warunki do prawidłowego diagnoza i plan „myśli” budujący uszkodzone sekwencje każdej cząsteczki, mógłby całkowicie złożyć uszkodzone cząsteczki. W końcu same komórki mogłyby replikować taki układ molekularny, dzięki czemu możliwe jest reprodukcyjne samoorganizowanie dowolnego układu, który w ten sposób oddziałuje z komórką. Kierując się podstawowymi prawami natury, związanymi z naprawą komórek na poziomie molekularnym, wkrótce zostaną zaprojektowane urządzenia w nanoskali, które będą mogły poruszać się w głąb komórki, wykrywać niedoskonałości wewnątrz zdrowych komórek i modyfikować ich strukturę w pożądany sposób [96]. ]. Potencjał skonstruowanych w ten sposób maszyn do naprawy komórek będzie oczywiście imponujący. W porównaniu z wymiarami wirusa lub bakterii ich ściśle upakowane części sprawiają, że są bardzo wyrafinowane. W pierwszej generacji takie maszyny będą wysoce spersonalizowane. Kiedy otwierają i zamykają błonę komórkową, przechodzą przez tkanki i przenikają do komórek i wirusów, nanomaszyny będą w stanie naprawić niektóre osobiste defekty molekularne, takie jak upośledzenie DNA lub brak enzymu. Po tym pierwszym kroku w rozwoju takich maszyn, zaawansowane maszyny komórkowe zostaną zaprogramowane tak, aby posiadały, oprócz wszystkich licznych możliwości już opisanych, potencjał znacznej poprawy ludzkiego układu autoimmunologicznego. Uruchomienie tak skomplikowanych maszyn będzie wymagało uprzedniego opracowania bardzo wydajnych nanokomputerów, których funkcją będzie badanie i rejestracja miejsca uszkodzenia, dostęp do niego i odbudowywanie w regularny sposób uszkodzonej struktury molekularnej, a tym samym przejście ich ze stanu chorobowego do stan zdrowia. Po naprawie poszczególnych komórek, we wzajemnej komunikacji i podziale pracy, przejdą do naprawy organów, organ po organie, przywracając całe ciało. Komórki zranione do poziomu całkowitej bezczynności zostaną stworzone z dostępnych im składników odżywczych (np. ze skrobi). Dlatego rozwój takich zaawansowanych nanomaszyn do naprawy komórek będzie mógł uwolnić medycynę od wspomagania samonaprawy, która jest immanentna procesowi samoleczenia organizmu.