R obsługuje również kompilację Just-in-Time (JIT). Gdy kompilacja JIT jest włączona, język R automatycznie kompiluje bajtami kod, który jest wykonywany bez jawnego wywoływania jednej z funkcji kompilacji. Aby aktywować kompilację JIT, użyj funkcji enableJIT(). Argument level mówi R, ile kodu należy skompilować przed wykonaniem; 0 wyłącza JIT, 1 kompiluje funkcje przed ich pierwszym użyciem, 2 kompiluje także funkcje przed ich zduplikowaniem, a 3 także kompiluje pętle przed ich wykonaniem:
library(compiler)
enableJIT(level=3)
Kompilację JIT można również włączyć, ustawiając środowisko R_ENABLE_JIT w systemie operacyjnym przed uruchomieniem R. Wartość R_ENABLE_JIT należy ustawić na wartość argumentu level.