Instrukcje sterowania przepływem służą do wielokrotnego powtarzania serii zadań lub do kierowania przepływem w oparciu o obiekt logiczny. Dla osób, które zaczęły programować w wieku FORTRAN i BASIC, używanie pętli jest bardzo wygodne. W R lepszym wyborem, jeśli to możliwe, jest użycie tablic i wyboru indeksu zamiast pętli. Korzystanie z indeksów jest znacznie szybsze niż zapętlanie. To powiedziawszy, instrukcje sterujące to if, if / else, while, for i repeat. Czasami są konieczne, a często przydatne.